在三顆銀彈（即柯南、灰原哀、赤井秀一）和FBI，CIA，MI6以及日本公安的通力合作下，那個籠罩著神秘色彩的跨國犯罪組織黑衣組織最終還是覆滅了。
柯南和灰原哀在鳥取縣的一棟彆墅公館內找到了那份改變他們命運的aptx4869的解毒劑的相關資料。
“你終於是可以變回去了呢，我們平成年代的福爾摩斯先生。”
灰原向著站在她旁邊的柯南漫不經心地說道。
江戶川柯南一個她暗戀了許久的男生，一個可以不顧自己生命安危去扮演自己而把自己反鎖在博士家地下室裡自己首麵貝爾摩德的男生，一個會為了自己能拿到姐姐留給自己的信而特地將自己與他分到一組的男生，她是多麼希望他能留下來，在這個名為灰原哀的女孩的青春裡留下屬於她和他的一筆。
但是他不能她也不能。
在這個世上冇有人在等一個名叫宮野誌保的18歲女科學家，但有人在等一個叫工藤新一的17歲高中生偵探，他是日本警察的救世主，是等待者的歸來人，是父母給予厚望的雛龍，他有屬於自己的家人，朋友以及女友，他有不得不變回去的理由，而她冇有。
“變回去嗎？
可我好像離不開你了。”
柯南雙手抱著頭認真地回道。
“離不開？
我看你是還想讓我給你當工具人是吧!像備用眼鏡什麼的。”
灰原哀如此打趣道，“哎算了，給你10天的時間考慮，10天後我會在博士家做好解藥等著你。”
說完對著江戶川做了簡單的告彆，轉身先行離開。
“誒!灰原，等等!”見狀柯南立刻想要叫住灰原，但見她並冇什麼反應默默吐槽了一句“真是麻煩”就追了上去。
剛回到博士家，灰原哀向博士簡單地打了招呼，就一頭鑽進了地下室研究解藥去了。
“新一啊，解藥拿到了是吧？”
“嗯。
但那傢夥也不知道是怎麼回事，從拿到解藥後，就變得怪怪的。”
柯南向博士吐槽著。
博士並冇有理會柯南的吐槽，緊接著又問道：“那你是怎麼想的？”
聞此柯南陷入了久久的沉默，一邊是少年偵探隊與灰原哀，另一邊是毛利蘭；一邊是充滿熱血的少年冒險，一邊是充滿溫馨的避風港灣，於他而言應當義無反顧地選擇前者，可這又對小蘭很不公平，他己經讓她等了太久了，這是以一種出於對等待者的愧疚。
博士拍了拍柯南的肩膀：“新一，你好好的想一想吧，還有一些時間。”
向博士道彆後就一個人朝著毛利偵探事務所的方向走去。
他一個人走在路上，陪伴他的隻有那來來往往的車輛以及來去匆匆的行人。
陽光從樹蔭間灑落，在地上投下斑駁的光影，彷彿在嘲笑他的孤單。
他默默地走著，身邊的車輛飛馳而過，帶起一陣風，吹得他的衣角翻飛。
而那些行人，他們的臉上帶著忙碌和焦慮，他們的步伐是那麼的匆忙，彷彿冇有時間停下來看一看這個世界。
他們從他的身邊走過，冇有人看他一眼，冇有人對他微笑，冇有人注意到他的存在。
他的思緒逐漸飄遠，回到了那個他與灰原初相遇的那天，記起了那個在自己麵前痛哭流涕哭訴著為什麼冇能救下她的姐姐，那不是質問，而更像是一種情感宣泄；回到了第一次與她一起去看足球比賽，那是第一次自己向她伸出手，叫她要享受比賽；回到了八丈島她義無反顧地潛入海底來救自己。
是的，江戶川柯南己經離不開那個叫灰原哀的女孩了。
那小蘭呢？
那曾經對她做出的死也要回來的承諾，怎麼辦？
車輛的喇叭聲和行人的腳步聲把他從思緒中拉回了現實。
他抬起頭，看著遠方，心中充滿了迷茫。
電話在此時響起，柯南掏出來一看，是服部平次。
剛一接起來，立馬就傳來了服部那咋咋呼呼的聲音：“喂，工藤，聽說那個組織己經覆滅了，那你是不是可以你拿到那個藥了？”
“嗯，灰原說要10天以後。”
“那你豈不是很快就可以毛利她見麵了。”
服部平次略帶調侃的說道。
“可是，我有些不想變回去了。”
“那你女友怎麼辦？
這你可得想清楚了。
不過，我支援你做的任何決定。”
就這樣有一搭冇一搭地和平次聊著，很快就走到了事務所的樓下，波羅咖啡廳裡安室透的身影也不在了，聽說是不久前從這裡辭職離開了。
整理好了自己的情緒朝著樓梯走去，推開二樓事務所的門，大叔還是老樣子在看著衝野洋子的節目，小蘭並不在這裡，應該是做飯去了，不多時，耳邊傳來了一聲，快來洗手吃飯了。
吃過飯後，柯南發現手機裡傳來了一封郵件：“小新，我過幾天就來接你了。”
幾天以後得的午後，有希子又將自己打扮成了江戶川文代的模樣來到了事務所。
“這些日子多謝你們照顧我們家這小子了。”
“冇有冇有”毛利大叔熱情地說著。
“柯南，再見咯!”“小蘭姐，再見!”“小新考慮得怎麼樣了？
小哀都己經告訴我了喲。”
“這件事啊，還冇想好!”“對於這件事，爸媽就不乾涉了，但你自己一定要考慮好，好嗎？”
坐在駕駛座上開車的工藤優作說道。
“其實，選哀醬是可以的哦!”有希子在一旁打趣道。
“你很煩誒!”回到家後，衝矢昴(赤井秀一)己經搬走了，回到了那張他想念己久的那張床，終於是不用每天每天睡在那小小的地鋪上了。
“小新，今晚要媽媽給你洗澡嗎？”
“不要!!!”在要拿藥的前一天夜裡，新一的手機收到了一條訊息：“新一，我們分手吧，我己經等了你整整3年，我不想再等下去了，勿念。”
小蘭，對不起，柯南在心裡默默地說著。
博士家“怎麼樣考慮好了，大偵探？
是做工藤新一還是江戶川柯南？”
灰原哀坐在沙發的一邊，而柯南與她相對而坐，他們中間隔著一個茶幾上麵正擺著aptx4869的解毒劑。
柯南拿起了放在包裡的眼鏡，重新戴在了自己的臉上，“這就是我的選擇，眼鏡戴久了有些習慣了呢。”
“那你可不要後悔”說著就把放在桌上的藥收了起來，轉過身哼著歌離開了。